Endoskopi sırasında pek çok değişik hastalığın tanısı için biyopsi alınabilmektedir. Hastadan biyopsi alınması her zaman tanıda "kanser" düşünüldüğü anlamına gelmez. Bazen kolonoskopi sırasında saptanan kanamayan damarlara enjeksiyon tedavisi yapılabilmektedir. Polip saptandığında endoskopik olarak çıkartılabilmektedir ve bu genellikle ağrısız bir işlemdir.

   Kolonoskopi sırasında gerekli görüldüğü hallerde ilgili yerlerden parça alınarak teşhiste patoloji desteği de sağlanabilir. Bu sayede saptanan urların habis olup olmadıkları değerlendirilerek gerekli en uygun tedavi kararı verilmektedir.