Kolonoskopi, hem kalın bağırsakta hem de  ince bağırsağın son kısmında görülen hastalıkların  teşhisinde, tedavisinde ve takibinde kullanılır. Ayrıca bu hastalıkların bazılarının tedavisi içinde kolonoskopi yapılır.

Bu hastalıklar;

     1-İltihabi barsak hastalıkları (ülseratif kolit, crohn hastalığı, enfeksiyöz kolit v.s.)

     2-İyi huylu bağırsak tümörleri (polipler, lipom)

     3-Bağırsak kanserleri

     4-Divertiküller

     5-Damarsal patolojiler

     6-Torsiyonlar

     7-Ülserler

     8-Kanamalar   vs...

Tedavi edici girişimler;

     1-Polipektomi (Poliplerin çıkarılması)

     2-Koterizasyon (kanamaları durdurmak için kanayan lezyonların    elektrik enerjisi kullanılarak yakılması)

     3-Skleroterapi (kanamayı durdurucu ilaçların enjeksiyonu)

      4-Dilatasyon (Daralmış bağırsak bölgelerinin genişletilmesi)

      5-Detorsiyon (kalın bağırsağın kendi etrafında dönmesinin düzeltilmesi)

     6-Yabancı cisim çıkarma

Takip:

     1-Kanserli hastaların

      2-Polipli hastaların

     3-İltihabi bağırsak hastalıklarının

     4-Kanamaların

     5-Kalın bağırsak kanseri olma ihtimali yüksek hastaların takibinde kullanılır.